征收的耕地占用税收入入库后在中央、地方财政之间的分配。财政部在1987年规定，征收的耕地占用税，50%上交中央财政，50%留地方财政。为调动地方征收的积极性，国务院于1989年将上述分成比例调整为“倒三七”比例分成，即交中央30%，地方留70%。1994年实行分税制财政管理体制以后，耕地占用税属于地方固定财政收入。