目前，对农产品收购专用发票的管理还缺乏一套完整有效的制度的措施。如：企业将一般纳税人认定前收购的农产品开具收购发票申报进项税抵扣，对此，税务机关难以核实。同时，对农产品收购发票的日常稽查不到位，处罚力度不够。在日常检查工作中，增值税专用发票的检查往往是每次税收检查的重点，而农产品收购发票却往往被忽视，使得收购发票在管理使用中存在的问题不能及时发现。另外，目前对违法开具农产品收购发票的处罚力度不够，对查出的问题往往作少许罚款了事，不能触动企业的根本利益，引不起企业的足够重视。