1、根据《国家税务总局关于加强进口环节增值税专用缴款书抵扣税款管理的通知》（国税发[1996]32号）规定：对海关代征进口环节增值税开据的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称，即既有代理进口单位名称，又有委托进口单位名称的，只准予其中取得专用缴款书原件的单位抵扣税款；

2、根据《国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知》（国税函[2004]128号）和《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（国税发[2004]148号）规定：纳税人进口货物，凡已缴纳了进口环节增值税的，不论其是否已经支付货款，其取得的海关完税凭证均可作为增值税进项税额抵扣凭证，但应当在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额。

3、从2004年3月份开始，纳税人申报除报送《海关完税凭证抵扣清单》纸质资料外，还需同时报送载有《海关完税凭证抵扣清单》电子数据的软盘（或其它存储介质）。未单独报送的，其进项税额不得抵扣。如果纳税人未按照规定要求填写《海关完税凭证抵扣清单》或者填写内容不全的，该张凭证不得抵扣进项税额。

4、对纳税人丢失的海关完税凭证，纳税人应当凭海关出具的相关证明‚向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关完税凭证电子数据纳入稽核系统比对，稽核比对无误后，可予以抵扣进项税额。

5、凡取得的海关完税凭证，超过规定期限未申报抵扣的纳税人，可以使用《海关完税凭证抵扣清单信息采集软件》（逾期抵扣版），该软件发布在国家税务总局技术支持网站上。没有超期未抵扣的纳税人，仍使用现《海关完税凭证抵扣清单信息采集软件》。