纳税人支付的运输费用是否可以抵扣也应从三个方面判断：

1、不属于为增值税暂行条例第十条规定项目所支付的运费；

2、取得的运输费发票开具符合规定：

1）开票方必须按照规定逐栏、如实填开货物运输业发票。

2）凡开具给增值税一般纳税人的货物运输业发票，必须填写该增值税一般纳税人的名称和纳税人识别号。

3）根据《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理有关问题的通知》（国税发明电[2003]第055号）规定：地税局代开货运发票时，应加盖代开票地税局发票专用章，专用章要有代开票地税局名称和地税局代码，否则不予抵扣增值税。

3、在规定的期限内抵扣：

　　根据国家税务总局《增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）的规定：纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣；

　　除此以外，在处理运输费用抵扣需要注意的问题还包括：

1、根据《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣问题的补充通知》规定（国税函[2005]332号）：列名和不列名的铁路运输费都可以抵扣，今后国家税务总局不再发文对铁路运输线进行列名公布；

2、根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）的规定：准予抵扣的货物运费是货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用；装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣；

3、根据《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣问题的补充通知》（国税函[2005]332号）：规定准予抵扣的铁路运费金额是指由运费和铁路建设基金，装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。

4、根据《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣问题的补充通知》（国税函[2005]332号）和《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）的规定：纳税人购进货物、销售货物符合条件的运输费用都可以抵扣（包括取得的代开票单位为代开票纳税人开具的货物运输业发票）；

5、根据国家税务总局《关于铁路运费进项税额抵扣有关问题的补充通知》（国税函[2003]970号）的规定：中国铁路包裹快运公司（简称中铁快运）为客户提供运输劳务，属于铁路运输企业。增值税一般纳税人购进或销售货物取得的《中国铁路小件货物快运运单》列明的铁路快运包干费、超重费、到付运费和转运费，可按7％的扣除率计算抵扣进项税额。

6、根据国家税务总局《关于增值税一般纳税人支付的货物运输代理费用不得抵扣进项税额的批复》（国税函[2005]54号）的规定：纳税人支付给国际货物运输代理公司的代理费不能抵扣。